Στις 23 Μαΐου του 1996 μ.Χ. την ημέρα των γενεθλίων του, πήραν τους τέσσερις αιχμαλώτους στρατιώτες, μεταξύ των οποίων και τον Ευγένιο, για να τους σκοτώσουν. Πρώτα σκότωσαν τους τρεις συν-αιχμαλώτους του.
Έπειτα, πρότειναν για τελευταία φορά στον Ευγένιο να βγάλει το Σταυρό λέγοντας ότι «ορκιζόμαστε στον αλλάχ ότι θα ζήσεις».
Ο Ευγένιος και πάλι αρνήθηκε και τότε υπέστη το φρικτό του μαρτύριο. Τον έσφαξαν με μαχαίρι κόβοντας εντελώς το κεφάλι του, αλλά δεν τόλμησαν να βγάλουν το Σταυρό από το λαιμό του. Τον έθαψαν μεν με το σταυρό, αλλά χωρίς το κεφάλι.
Ο εν αίματι Αγιασμός του μαρτυρίου, είναι ο αγιότερος Αγιασμός του ανθρώπου.
Το στέφανο του μαρτυρίου είναι το τελειότερο Βάπτισμα και είναι προνόμιο λίγων μόνων ανθρώπων.
Σε όσους μαρτύρησαν και αγίασαν, ο Θεός κατά τη διάρκεια του μαρτυρίου τους, τους ενίσχυσε με μια ειδική Χάρη που ονομάζεται ''ενδημούσα μαρτυρική Χάρη'', ώστε να μπορέσουν να αντέξουν τα μαρτύρια.
Πολλοί άνθρωποι που δεν άντεχαν το Μαρτύριο, ο Θεός επέτρεπε να πεθάνουν από το φόβο και ο άγγελος έπαιρνε τις ψυχές τους και τις πήγαινε στον ουρανό.
Άλλοι πάλι που θέλησαν να μαρτυρήσουν, αλλά δεν δίαγαν πριν το μαρτύριο ενάρετη ζωή, ο Θεός δεν τους απέστειλλε την Χάρη αυτή, με αποτέλεσμα να μην
αντέξουν τα μαρτύρια και από μάρτυρες, έγιναν αρνητές του Χριστού.
Είναι μεγάλο πράγμα να μαρτυρήσεις για το Χριστό! Πρέπει να είσαι άνθρωπος πολύ μεγάλης αρετής για να μαρτυρήσεις, γι΄αυτό και ο Θεός δεν δίνει το δώρο αυτό στον καθένα..